東京大學(xué)主校區(qū)設(shè)在東京都內(nèi)文京區(qū)本鄉(xiāng)，占地面積40公頃 ，全校絕大部分機(jī)構(gòu)均在這里。另外在目黑區(qū)駒場(chǎng)另建一新校區(qū)，為教養(yǎng)學(xué)部及生產(chǎn)技術(shù)研究所所在地。附屬學(xué)校、工同研究部門，實(shí)驗(yàn)實(shí)習(xí)基地(如農(nóng)場(chǎng)、林場(chǎng)、地震、火山、天文等觀察站)、師生員工宿舍等分布于全國(guó)各地。
赤門是日本東京大學(xué)本鄉(xiāng)校區(qū)在本鄉(xiāng)通側(cè)的一個(gè)大門，原為加賀藩的御守殿門，“赤門”為御守殿門的俗稱，此乃因?yàn)橛氐铋T皆漆為朱紅色之故。依古代日本習(xí)俗，御守殿門一旦受災(zāi)損毀便不能重建，而東京大學(xué)的赤門是唯一留存下來(lái)的御守殿門，已有百年以上的歷史，殊為難得，因此曾被日本政府列為國(guó)寶，現(xiàn)則指定為重要文物。赤門也是東京大學(xué)的代表性象征之一，被假借為東京大學(xué)的代稱，也因而常被誤以為是東京大學(xué)的正門，東京大學(xué)真正的正門在赤門旁邊。
藥學(xué)部
只含藥學(xué)、制藥化學(xué)兩系，附設(shè)藥用植物園。
農(nóng)學(xué)部
開(kāi)設(shè)農(nóng)業(yè)生物學(xué)、農(nóng)業(yè)化學(xué)、林業(yè)學(xué)、水產(chǎn)學(xué)、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)學(xué)、農(nóng)業(yè)工程、獸醫(yī)學(xué)、林產(chǎn)學(xué)8系，附設(shè)有農(nóng)場(chǎng)，實(shí)習(xí)林場(chǎng)、牧場(chǎng)、獸醫(yī)院、水產(chǎn)實(shí)驗(yàn)場(chǎng)、綠地植物實(shí)驗(yàn)場(chǎng)等實(shí)習(xí)實(shí)驗(yàn)設(shè)施。
工學(xué)部
東京大學(xué)最龐大的學(xué)部，含有23個(gè)系109個(gè)講座，幾乎覆蓋了所有的工程學(xué)科，包括土木、機(jī)械、電子、船舶、航空、原子能、資源、金屬、材料、應(yīng)用化學(xué)、應(yīng)用物理、計(jì)算等領(lǐng)域的眾多學(xué)科，還設(shè)有一個(gè)工程基礎(chǔ)系，一個(gè)原子能工程研究和綜合試驗(yàn)場(chǎng)。
經(jīng)濟(jì)學(xué)部
僅含經(jīng)濟(jì)學(xué)、經(jīng)營(yíng)學(xué)兩系，附屬有日本產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)研究室。
理學(xué)部
設(shè)數(shù)學(xué)、信息科學(xué)、物理、天文、地球物理、化學(xué)、生物化學(xué)、生物科學(xué)、地學(xué)9系，附屬部門有臨海實(shí)驗(yàn)場(chǎng)、植物園、基本粒子物理國(guó)際中心、光譜化學(xué)研究中心、地殼化學(xué)研究室、天文學(xué)教學(xué)研究中心等。
法學(xué)部
為東京大學(xué)歷史最老，也是聲望很高的學(xué)部，為東京大學(xué)支下的部門機(jī)構(gòu)，為東京大學(xué)所管轄。日本歷史上很多政界要人均出自該學(xué)部。設(shè)有民主、公法、政治學(xué)3系，附屬部門有外國(guó)法文獻(xiàn)中心，近代日本法政史資料中心。
文學(xué)部
設(shè)文學(xué)、史學(xué)、語(yǔ)言學(xué)、行動(dòng)學(xué)4系，附設(shè)文化交流、北海文化研究?jī)蓪?shí)習(xí)實(shí)驗(yàn)部門。該學(xué)部亦出過(guò)眾多名揚(yáng)日本的文學(xué)家、詩(shī)人、俳名作家、藝人等明星。
教育學(xué)部
設(shè)教育學(xué)、教育心理學(xué)、學(xué)校教育、教育行政、體育和健康教育5系，附屬學(xué)校有中學(xué)、高中各一所。
醫(yī)學(xué)部
有醫(yī)學(xué)、健康護(hù)理學(xué)兩系，附設(shè)腦研究實(shí)驗(yàn)室、醫(yī)學(xué)電子實(shí)驗(yàn)室、聲音語(yǔ)言醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物飼養(yǎng)室，兩所附屬醫(yī)院，附屬學(xué)校有養(yǎng)護(hù)學(xué)校、接生護(hù)士學(xué)校。該學(xué)部以外科，特別是腦外科在世界上十分有名。
1、大學(xué)畢業(yè)或即將大學(xué)畢業(yè)。
2、已完成或?qū)⒁瓿?6年的學(xué)校教育。
3、已完成15年的學(xué)校教育，以優(yōu)異的學(xué)習(xí)成績(jī)?nèi)〉昧怂鑼W(xué)分并獲得東京大學(xué)研究生院的認(rèn)可。
4、被東京大學(xué)研究生院認(rèn)可的具有碩士或高于碩士能力的。
1、東京大學(xué)外國(guó)人留學(xué)生特別獎(jiǎng)學(xué)金制度：研究獎(jiǎng)勵(lì)費(fèi)支給150,000日元/月
2、日本政府(文部科學(xué)省)獎(jiǎng)學(xué)金(國(guó)費(fèi)外國(guó)人留學(xué)生)計(jì)劃
學(xué)部留學(xué)生 134,000日元/月(第25個(gè)月起為126,000日元/月)
研究留學(xué)生 170,000日元/月(第13個(gè)月起為160,000日元/月)
3、民間獎(jiǎng)學(xué)團(tuán)體在赴日前頒發(fā)的獎(jiǎng)學(xué)金
松下獎(jiǎng)學(xué)金 研究生期間(1年內(nèi))150,000日元/月/修士課程期間(2年以內(nèi))180,000日元/月 對(duì)象：中國(guó)，印度尼西亞，馬來(lái)西亞，菲律賓，泰國(guó)，臺(tái)灣，越南地區(qū)的希望進(jìn)入大學(xué)院學(xué)習(xí)者/日語(yǔ)能力能夠在日本大學(xué)院進(jìn)行研究者/希望進(jìn)入大學(xué)院讀理工科 者(除醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、齒學(xué))
4、其他。除以上所述，還設(shè)有其他赴日后可申請(qǐng)的獎(jiǎng)學(xué)金。學(xué)校內(nèi)設(shè)置的各類獎(jiǎng)學(xué)金的申請(qǐng)競(jìng)爭(zhēng)都很激烈。
東京大學(xué)是所歷史悠久的著名大學(xué)，它保持著傳統(tǒng)大學(xué)的特征：多學(xué)院、多學(xué)科。目前全校的學(xué)科差不多全是老學(xué)科，辦學(xué)水平很高，幾乎所有學(xué)科均能授予碩士和博士學(xué)位。對(duì)新建學(xué)科和教學(xué)上的改革持慎重的態(tài)度，他們認(rèn)為必須保持學(xué)校的一貫傳統(tǒng)，不要人云亦云，方能辦出高質(zhì)量和自己的特色?！耙再|(zhì)取勝，以質(zhì)取量”是東京大學(xué)的辦學(xué)目標(biāo)，全校教職員工是這樣認(rèn)為的：保持學(xué)校的穩(wěn)定和學(xué)術(shù)上的高水平是維系學(xué)校尊嚴(yán)和榮譽(yù)所不可缺少的。
因此他們?cè)谂囵B(yǎng)人才方面著眼于高質(zhì)量，為達(dá)到這個(gè)目標(biāo)，他們采取了一些措施：為控制學(xué)校規(guī)模，不宜把學(xué)校辦得過(guò)大，以維持學(xué)校運(yùn)轉(zhuǎn)的高效率，目前一直把本科學(xué)生人數(shù)控制在15000人左右;強(qiáng)調(diào)大學(xué)在搞好教學(xué)同時(shí)，開(kāi)展科學(xué)研究，多出世界前沿的學(xué)術(shù)成果;精心選擇，建設(shè)一支高質(zhì)量的教授隊(duì)伍;教學(xué)上強(qiáng)調(diào)基礎(chǔ)知識(shí)教育，規(guī)定4年制大學(xué)生必須有兩年時(shí)間在教養(yǎng)學(xué)部學(xué)習(xí)共同必修基礎(chǔ)課和一部分專業(yè)基礎(chǔ)課;建立導(dǎo)師帶研究生制度，對(duì)研究生嚴(yán)格要求，同時(shí)充滿愛(ài)心，悉心指導(dǎo)等等。
